Цитата: Фактически у него есть один подчиненный, но он принят как программист 1С и в организационной структуре он не относится пока ни к какому отделу.
Внутренняя структура прописывается в штатном расписании. Если в нем не выделены отделы, значит их попросту нет.
Цитата: Подскажите, можно ли в трудовой не указывать в какой отдел принят сотрудник?
См. выше. Даже если отделы и выделены, но должности в них не дублируются и поэтому наименование структурного подразделения не отражается в трудовом договоре, то в трудовой книжке эта информация тоже не указывается.
Цитата: если в трудовой запись "Принята на должность программиста 1С", а потом в компании создаем "Отдел разработки" или "Отдел технической поддержки". Как это документально оформить? Что нужно?
Приказом вносите изменения в действующее штатное расписание или утверждаете новое.
Если специалисты с таким же наименованием должности будут и в других отделах (и на существенно разных условиях), заключаете доп. соглашение к трудовому договору, уточняя, где именно будет числиться сотрудник. Если никаких неоднозначных толкований при введении деления по отделам в ШР не возникает, можно, я считаю, обойтись и без внесения изменений в трудовые договоры.
Цитата: При приеме след. сотрудников в трудовую делать запись "Принята в отдел технической поддержки на должность такую-то" или можно просто "Принята на должность такую-то"?
Логика рассуждений та же, что и выше.